Die historisch gewachsenen Sammlungen des Regionalmuseums umfassen rund 6.000 Objekte.

Die kulturhistorische Abteilung verfügt über eine umfangreiche volkskundliche Sammlung, Gemälde, Grafik, Fotografie, Kleinschnitzereien, Möbel, Keramik, Religiosita sowie die bekannten „Rhöner-Fastnachtsmasken“.
Die Naturkundliche Sammlung beherbergt geologische Funde, Tier- und Pflanzenpräparate, darunter das Rhöner-Herbarium von Otto Arnold.
Dem Rhönmuseum ist eine Präsenzbibliothek angeschlossen.